Shiki Magata est une des femmes les plus intelligentes du monde, cerveau dont la science a grandement besoin, fille d'un éminent scientifique et d'une linguiste exemplaire, Shiki a pourtant un grand problème, elle fait preuve de dédoublement de la personnalité. Un dédoublement qui coûta la vie à ses parents. Shiki ne fut pas condamné à cause de son mal. A présent, Shiki est enfermée dans un centre situé sur une île, loin de toutes habitations. Isolée pour ne faire de mal à personne, elle continue pourtant ses travaux et aide la science à avancer. Rares sont les personnes qui ont pu discuter avec elle, et encore seulement par l'intermédiaire d'un écran.
Moé, une jeune étudiante, fille d'un homme riche et important, arrive à faire en sorte que sa classe et son professeur puisse par dérogation spéciale, passer un petit séjour sur l'île de Shiki Magata, mais sans pouvoir autant la rencontrer. Moé fait ça surtout pour son professeur, pour qui elle a un faible, et parce qu'elle sait que celui-ci est le dernier disciple du père de Shiki. Tous deux réussissent à entrer dans le bloc où est enfermé Shiki...