La terre, devenue trop polluée et envahie d'insectes, a contraint l'humanité à se réfugier dans d'immenses cités volantes et protégées par la magie, qui s'est déclarée chez une partie de la population. Cependant, régulièrement des escouades de magiciens doivent se battre en plein ciel pour défendre ces cités contre l'attaque de nuées d'insectes volants.
Alors qu'il se bat avec son escouade en plein ciel, Kanata choisit de se sacrifier pour protéger ses camarades...
6 mois plus tard, il est considéré comme un traître et haït par une bonne partie de son académie. A tel point, qu'il semble blasé de tout et a pris l'habitude d'ignorer tous eux qu'ils croisent et le pointent du doigt. Toujours dans le même établissement, il est alors appelé par la seule camarade qui est encore foie en lui : il va devenir instructeur sur sa recommandation. Mais pas de n'importe quelle classe, il va devenir le mentor de l'escouade E601, le trio de jeunes filles les plus nulles de l'académie !