Sacha et cie arrivent dans la ville de Mashina. Ils y rencontrent Sheena, gardienne du temple millénaire de la ville et dont une légende raconte qu'Arceus, un puissant pokémon d'une autre dimension, aurait donné un joyau de la vie à un humain, Damos pour assurer prospérité à la région. Craignant que le retour d'Arceus dans son monde fasse disparaître le pouvoir du bijou, Damos a blessé le pokémon légendaire qui réussit à s'enfuir furieux dans son monde....

Sheena, descendante de Damos, réussit avec Sacha et ses amis à calmer une énorme bataille entre plusieurs pokémons très puissants, mais le retour soudain d'Arceus, déterminé à se venger, complique encore plus les choses...