En plein Japon médiéval, les extra-terrestres ont débarqué !
Quelques années après, le monde a du coup bien changé par rapport à ce que l'on connaît. Les armes blanches ont été interdites, diverses espèces extra-terrestres vivent normalement parmi la population autochtone, apportant technologie et autre... Les japonais se sont habitués à voir des créatures plus étranges les unes que les autres et également aux voitures volantes et autres gratte-ciels qui ont poussé très vite.
Dans ce méli-mélo culturel, Gintoki et son équipe tentent de survivre. Gintoki est 'le dernier homme à l'esprit samurai' malgré son attitude assez matérialiste, il est accompagné d'une extra-terrestre Kagura et son immense chien blanc qu'elle monte comme un cheval et d'un très maladroit et malchanceux 'apprenti' en la personne de Shinpachi. Tous trois forment une petite compagnie dont le crédo est : donnez-nous des sous et nous ferons ce que vous voulez !! Tout un programme...