Mikan et Otaru sont deux petites filles inséparables. Autant Mikan est une petite enjouée, débordante d'énergie, autant Otaru a un visage inexpressif et est une fillette calme.
Aujourd'hui, Mikan est catastrophée, Otaru part pour l'académie Alice, une école qui paie les parents pour prendre leurs enfants, une école d'élite, où seuls certains enfants surdoués peuvent rentrer.
Un drame pour Mikan qui se voit séparer de sa meilleure amie, mais Otaru tente plus ou moins de la consoler en lui disant qu'elle lui écrira.
6 mois plus tard, une seule lettre d'Otaru est parvenue à Mikan, qui apprend que cette académie Alice est très particulière puisque les élèves ne rentrent que très rarement chez eux et que leurs lettres sont décryptés en détails avant d'être envoyées. Mikan terrorisée par le fait qu'elle ne verra peut-être plus jamais Otaru, fugue avec l'argent de son grand-père (!!) pour aller elle-même à cette école.
Là, Mikan va découvrir que ce ne sont pas des enfants surdoués qui sont choisis dans cette école, tout du moins pas au sens où on l'entend, mais Mikan pourrait peut-être même y être intégrée, pour peu qu'elle se fasse accepter par les autres élèves...