Suite de la première série xxxholic, on suit toujours les aventures de Watanuki chez la mystérieuse et insubmersible Yuuko et sa boutique.
Un matin, Watanuki passe devant le temple familial de Domeki, son camarade de classe. Là, il va s'emmêler dans une toile d'araignée, Domeki va l'aider a en sortir, mais ce geste va détruire la toile. Un geste anodin pour un humain, une catastrophe pour l'araignée qui ne compte pas en rester là.