Deux ans ont passé depuis la fin de la série. Nous sommes en 1923 à Munich, Edward raconte souvent ses histoires d'alchimiste à Alphonse, un jeune garçon qui ressemble énormement à son frère. Alphonse a beaucoup de mal à croire ce que raconte son ami, mais cela l'amuse. Passionné de science, Alphonse fait parti d'un groupe qui veut construire l'une des toutes premières fusées. Pour faire une démonstration, Alphonse et Edward se rendent sur les lieux d'un carnaval, ils y rencontrent l'étrange Noah, une jeune diseuse de bonne aventure, capable de voir certaines choses rien qu'en touchant les gens. Elle devine tout de suite qu'Edward n'a pas de chez lui.
Dans le monde d'Eward, Alphonse recherche désespérement un moyen de faire revenir son frère dans leur monde. Persuadé qu'Edward est toujours en vie et malgré sa mémoire perdue, il se rend à présent à Lior après la mort de son maître.